Conforme podemos ver, muitas são as vantagens que uma empresa obtém ao ser certificada pela norma ISO 9001. No que tange às desvantagens podemos referenciar:

- tempo necessário para desenvolver o sistema;

- os custos para implementar e mantê-lo;

- a inflexibilidade e burocracia;

- a dificuldade de implantação, em especial para determinados tipos de organizações;

- a dificuldade para criar e manter o entusiasmo do pessoal para com o sistema;

- o ressentimento que as mudanças requeridas causam em certos casos;

 Sob a óptica do cliente, uma primeira desvantagem diz respeito à dificuldade para criar e manter o entusiasmo do pessoal para com o sistema. Se não forem desenvolvidos bons e eficientes programas de marketing interno, e que motivem os funcionários a acreditar no sistema de gestão de qualidade, o atendimento ao cliente poderá ficar comprometido, pois antes de satisfazer o cliente externo, é necessário incentivar e satisfazer o cliente interno. Outra desvantagem sob o ponto de vista do cliente, refere-se aos custos de implantação que afectam toda a organização, clientes e a sociedade, pois somos reféns da qualidade do produto ou do serviço.